Kada se nakon tri godine provedene u Arabiji Pavao vratio u Jeruzalem, ljudi su se sjećali samo Savla – progonitelja Crkve, ali apostol Barnaba je u njemu prepoznao prijatelja i učenika (Dj 9, 26-30). U početku se u Djelima apostolskim spominju kao ”Barnaba i Pavao”, a kasnije se taj naziv mijenja u ”Pavao i Barnaba”. U nekom trenutku učenik je postao učitelj. U to vrijeme među kršćanima razvile su se dvije struje – jedni su smatrali, među kojima i Barnaba, da ljudi neće zaslužiti spasenje ako se najprije ne obrežu po Mojsijevom Zakonu, dok su drugi držali, među kojima i Pavao, da se obrezanje mora ukinuti i da evanđelje treba propovijedati svim narodima. Na Jeruzalemskom saboru Pavlovo učenje je potisnulo Barnabino. Barnaba se nije htio odreći svojih stavova, te se razišao s Pavlom i otišao na svoju stranu. No, iako se nisu slagali, Pavao i Barnaba postali su Kristovi mučenici, svatko na svojoj strani – jedan u Rimu, drugi na Cipru. Nebo ih je pomirilo.